استقال المدير المساعد للمعهد العالي للدراسات والبحوث الإسلامية الدكتور محمد عبد القادر ولد اطفيل من منصبه في المعهد، وذلك احتجاجا على ما وصفه بهامشيى  الصلاحيات الممنوحة له، والخلط الإداري الحاصل فيها. وأكد ولد اطفيل – وهو أستاذ في المعهد – في الاستقالة التي سلمها للجهات الوصية على المعهد أن الظروف الحالية، وطبيعة الصلاحيات الممنوحة لا تسمح له بمواصلة العمل في وظيفته، وعدم إشراكه في حلول المشكلات التي تواجهه.

وعرف المعهد العالي خلال السنتين الأخيرتين تغييرات متسارعة في إدارته، أدت لتعاقب عدة مدراء عليه، كان أغلبهم من طاقمه التدريسي قبل أن يعين عليه أحد موظفي وزارة الشؤون الإسلامية